虽然漳州地界匪盗已灭，但是过程非常艰难，阳明事后分析认为这种剿匪行动是治标而不是治本。特别是在山区这种山高林险，官府力量未能到达之处，贼寇趁虚而入，占据险恶，为非作歹，久为民患，也逐渐成了威胁朝政稳定的祸害。这种匪患又不像农民起义，没有政治目的，主要就是打家劫舍，当然偶尔也攻击县城什么的。这样也造成了社会风俗不良，起了坏作用，致使众多年轻人不思安居乐业，而是好逸恶劳，认为聚众作恶专事劫掠就有饭吃。针对这种情况必须研究治本之道，仿佛一个人的病体，如果平时不注意调养生息，待到病入膏肓，即使是名医如扁鹊等，也是无可奈何。
　　为此，阳明先生上奏朝廷，恳请为了漳州地界长治久安考虑，申请增设平和县治于河头，将原有巡检司移到枋头，因为河头是众贼巢的中心，枋头又是河头的唇齿，这样不但互成犄角之势，也能增强官府治理的力量。奏疏到了朝廷，朝上官员都认为阳明所言极是，眼光长远，准奏，平和县治得以新设。朝廷还考虑到往年在匪盗出没的四省区，没有一个统调官，造成各地遇事相互推诿，因循苟且，于是将阳明由巡抚改任为提督，总管南、赣、汀、漳等处军务，凡是有关剿匪地区的军马钱粮，一并听取阳明便宜调用，当地文武官员，如果违反军法，俱令阳明军法从事；遇到匪患，即便设法调兵剿杀，不能再重蹈旧弊。看来朝廷给了阳明足够的权力，也给了阳明巨大的压力。